Arzneimittel werden durch den Apotheker bzw. die Apothekerin bei der Herstellung ständig auf Reinheit und Wirkstoff überwacht. Die Herstellung erfolgt überwiegend in der pharmazeutischen Industrie und in Apotheken bzw. Krankenhausapotheken. Die Zulassung von Arzneimitteln erfolgt durch das Bundesinstitut für Arzneimittelforschung und Medizinprodukte oder durch das Paul-Ehrlich-Institut (Impfstoffe).
Der Vertrieb von apothekenpflichtigen Arzneimitteln durch die Hersteller erfolgt zum Teil über den Pharmagroßhandel, zum Teil direkt an die Apotheke. Die Apotheke untersteht dem Regierungspräsidenten und der kommunalen Gesundheitsbehörde im Rahmen der Apothekenbetriebsordnung. Ausschließlich öffentliche Apotheken mit Erlaubnis zum Versandhandel dürfen Medikamente im Internet vertreiben. Im Internet angebotene Arzneimittel ohne Einbindung einer Apotheke werden weder in Herstellung noch Vertrieb überwacht. Sie bergen erhebliche Gefahren, sind zum Teil sogar lebensgefährlich. Die Zahl von Websites, die gefährliche und illegale Arzneimittel anbieten, steigt stetig.
Gehäuft angeboten werden sogenannte Lifestyle-Medikamente (wie zum Beispiel Produkte zur Gewichtsreduktion, Potenz- und Haarwuchsförderung), Dopingsubstanzen, aber auch Arzneimittel, zum Beispiel zur Behandlung von Herzerkrankungen, Krebs oder HIV. Kunden erhalten hier zum Teil nicht zugelassene oder auch gefälschte Präparate. Zum Teil enthalten diese andere als auf der Verpackung angegebene Wirkstoffe bzw. Wirkstoffstärken oder sogar keine Wirkstoffe. Teilweise fehlen Beipackzettel oder Verpackung. Hiervon ist der Vertrieb über zugelassene Versandapotheken abzugrenzen.
Medikamente unterliegen nach Neueinführung einem meist 12- bis 15-jährigem Patentschutz. Dieser stellt ein Monopol zur Herstellung dieses Arzneimittels dar. Mit Ablauf des Patentschutzes kann dieser Wirkstoff von allen Arzneimittelherstellern produziert werden. Hierbei handelt es sich dann um sogenannte Generika, die durch das Wegfallen eines Großteils der Forschungs- und Entwicklungskosten preisgünstiger angeboten werden können. Generika enthalten den identischen Wirkstoff, müssen im Körper gleich schnell aus dem Medikament ins Blut übergehen und haben die gleiche Darreichungsform wie das Originalpräparat.
Unterscheiden dürfen sich die Präparate aber hinsichtlich der Herstellungstechnik und der enthaltenen Hilfsstoffe. Häufig arbeiten Pharmahersteller kurz vor Ablauf des Patentschutzes an einer geringfügigen Veränderung ihrer Arzneimittelspezialität, zum Beispiel durch Veränderung der Darreichungsform bzw. -Hilfsstoffe (Galenik), und verlängern hierdurch erneut den Patentschutz. Bei diesen sogenannten Me-too-Präparaten handelt es sich um Scheininnovationen, die im Vergleich zu den bewährten Arzneimitteln teurer, aber nicht wirksamer sind.